据统计，因雷暴或与雷暴有关的天气造成的飞行事故，已占到了气象原因造成飞行事故一半以上的比重。尽管绝大多数雷暴是在不稳定天气条件下形成的，但有时也会在层状云中形成，这种雷暴称为“隐藏雷暴”。因为这种雷暴隐藏在其它云层中，在云中飞行时，飞行员不能发现它，因此，它们会对飞行造成特别的危害。从国际民航对1978～1990年13年中160起因气象原因发生的飞行事故看出：雷暴直接引起的事故有14起，与雷暴有关的雪或暴雨有41起、恶劣天气34起、颠簸及乱流12起、结冰10起、低空风切变7起，几项加起来共计118起。作为航空人员来说，很有必要认识雷暴产生的威胁飞行安全的主要天气现象。
（1）湍流
雷暴云中的强烈湍流会引起飞机颠簸，是危及飞行安全的一种主要危险天气。雷暴云中的升降气流带有很强的阵性，分布也不均匀，有很强的风切变。在雷暴云中飞行都会遇到很强的颠簸，轻者造成操纵困难，仪表失真，飞行员难以看清仪表指针，在几秒钟内飞行高度可变化几十米或几百米，重则造成飞机解体。云区外一定范围内也有不同程度的颠簸存在。XXX宁波-成都航班时，在武汉上空7000米左右的高度上绕飞积雨云时遇到中到强颠，飞行员几乎不能操纵飞机，客舱一片恐慌，因飞行员的果断处置（上升高度、偏离航线）只造成一名乘客头部轻伤（系客舱行李架撑板脱落击伤）。
（2） 暴雨
雷暴云中蕴藏着极其丰富的水资源，如以云中每立方米平均含水量25克计算，一块半径为5公里的雷暴中含水量可高达130万立方米，相当一座小型水库的储水量。如下暴雨，每分钟从云中倾下的水量可达8万吨。
在特大暴雨中飞行，如点火不及时有可能造成发动机熄火，特别是飞机处于着陆的低速阶段。例如，1980年6月12日美国威斯康辛航空公司的一架斯维林根SA－226密特洛飞机，在内布拉斯加洲瓦利着陆时遇雷雨，两台发动机因吸入大量雨水而熄火，造成飞机坠毁。降水还可导致飞机空气动力特性降低，因雨滴相当于增加了飞机附加粗糙度，使升力下降，出现迎面阻力增大和临界迎角及容许迎角减小，导致失速速度相应增大20－40公里/小时，这样失速就可能发生在接近失速信号接通之前。
（3） 雷击（闪电击）
闪电是云中出现冰晶和过冷水滴相碰撞，过冷水滴冻结及大水滴分裂时，由于温差电效应、冻结电效应、分裂电效应等作用产生。雷暴云的上部带正电荷，中、下部带负电荷。
飞机在雷暴云中、云下和云附近飞行时，都有可能被闪电击（又称雷击）中，尤其是在0℃附近飞机被雷击的次数最高。飞机遭闪电击的高度大都在6千米以下，个别发生在11－12千米，90％的闪电击发生在4千米以下。