造成航班延误的原因多种多样，但总的来说可以分为五大类：
（一）天气原因：因天气原因造成的航班延误现象最为常见。如：出发地机场天 气状况不宜起飞；目的地机场天气状况不宜降落；飞行航路上气象状况不宜飞越等等。飞机起降的机场一旦遇到雾、雪、雨、云和风等天气，跑道能见度低于一定标准时，航班便无法起降，严重时甚至还会关闭机场。有时飞机起飞时出发地机场天气晴朗，但由于经停地或目的地机场天气恶劣，也会造成航班延误。
（二）航空管制原因：因空中交通管制造成的航班延误也十分常见。主要是流量控制或者是空军活动,尤其像空军活动管制时间少则半小 时，多则3、4小时，管制一次，可以打乱当天几乎相关机场所有的航班运行。近年来空中交通流量增速较大，飞行管理难以适应。民航方面的调查表明，近10年来北京、上海、广州三大机场飞行流量每年递增10%以上，航路一度相对拥挤，由此造成的航班延误曾占全部延误的20％左右。
（三）机场保障原因：（1）机务原因。机场机务保障部门对于各航空公司的经停和往返航班负有过站检查、签字放行、清除冰雪等各项保障工作。哪一个环节出现疏漏或者保障不及时，均可造成航班延误。（2）安检原因。为防止恐怖袭击事件，各地机场安检部门也都在认真执行，所以不可避免地造成安检速度缓慢的问题。（3）商务原因。这种原因造成航班延误的现象较为少见。主要是指广播登机不及时、货物舱单和平衡图送达不及时等。（4）场区环境。机场上空环境出现干扰因素也是造成航班延误的重要原因。如由于无线电通讯而干扰飞机不能正常运行等。
（四）航空公司原因：（1）飞机晚到，也就是飞机调配的问题。一般情况下，航空公司的每架飞机每天都要执行好几段航班任务。如果前一段航班延误，飞机晚到，势必引起连锁反应，造成后续延误。（2）调配原因。因为某些特殊原因，原定执行本次航班任务的飞机被临时调配去执行其他飞行任务，完毕后才执行本次航班，造成本次航班延误。（3）机械故障。飞机结构复杂，难免会出现各种各样的故障反应。有时哪怕连一颗关键的螺丝钉松动了，都要对整机进行全面的检查、校验。如果飞机故障地为该航空公司基地，处理故障时间较快，即使是大故障一时难以修复，由于在基地，也比较容易调配，延误时间会较短。（4）空勤人员原因。空勤人员值勤是有时间限制的，达到规定的时限必须安排休息，如果休息不足，绝不能继续飞行。还有因为极个别空勤人员责任心不强，没能在正常时间登机准备飞行任务，也能造成航班延误。
（五）旅客自身原因：（1）不熟悉民航的登机程序，停办手续时间已到还未到机场,到了登机时间还不登机；（2）证件不符或者携带违禁物品；（3）中途终止旅行后不通知民航有关部门；（4）法律意识淡薄，在飞机上谎报险情；（5）因旅客自身身体原因造成的延误等。为了方便旅客，机场、航空公司会尽量帮助这些晚到旅客顺利赶上该航班，但这也势必造成该航班的延误 。