广州白云国际机场航站楼现有面积37万平方米，由主楼、连接楼、指廊和高架连廊组成，共分四层。第三层为出发及候机大厅，第二层为到达夹层，第一层为到达及接机大厅，负一层则通往地铁及停车场。
出发及候机大厅位于航站楼第三层(3F)，共有8个进出口。的士和大巴均可直接停靠在航站楼出发大厅门口。进入出发大厅4号门，迎面而来的是一个醒目的电子屏幕，上面有该时段的进出港航班情况，包括了出港航班的登机口位置。
国内出发大厅
国内出发大厅共有6个值机岛，144个值机柜台。
南方航空公司代理航班的登机手续在C、D、M值机岛办理，具体包括南方航空公司(CZ)、厦门航空公司(MF)和东方航空公司航班(MU)。
白云机场代理航班的登机手续在E、K、L值机岛办理，具体包括中国国际航空公司航班(CA)、海南航空公司航班(HU)、山东航空公司(SC)、四川航空公司(3U)深圳航空公司航班(ZH)和东方航空公司部分航班(MU)。
N岛(出发厅16号门正对面)是各航空公司的售票柜台和服务柜台，包括南航、国航、东航、海航、川航、深航、厦航、山航、上航等9家航空公司，服务内容包括机票的查询、预订、出票、更改、回程机票机位确认，以及专人引导办理登机手续、不正常航班接待等。
国际出发大厅
国际出发大厅共有 4 个值机岛， 102 个值机柜台。
南方航空公司代理航班的登机手续在 G 、 H 值机岛办理，具体包括南方航空公司、马来西亚航空公司、新加坡航空公司、韩亚航空公司、日本航空公司、泰国航空公司、越南航空公司、大韩航空公司、肯尼亚航空公司。
白云机场代理航班的登机手续在 F 、 J值机岛办理，具体包括俄罗斯远东航空公司、印尼发达飞航空公司、印尼鹰航空公司、菲律宾鹰航空公司、埃塞俄比亚航空公司、法国航空公司、德国汉莎航空公司、泰国东方航空公司、美国西北航空公司、全日空航空公司、芬兰航空公司、港联航空公司、澳门航空公司。
国内登机区
旅客登机区分为A、B两区。
A区位于航站楼东面，分为东一指廊(国际)和东二指廊；东一指廊有A1-A16共16个登机口(其中A1-A4为远机位登机口)；东二指廊有A17-A31共15个登机口(其中A17-A20为远机位登机口)。
B区位于航站楼西面，分为西一指廊和西二指廊；西一指廊有B101-B117共17个登机口(其中B101-B104为远机位登机口)；西二指廊有B118-B131共13个登机口(其中B118-B121为远机位登机口)。
在E、K、L值机岛办理登机手续的旅客全部由A区(机场代理航班)登机；在C、D、M值机岛办理登机手续的旅客全部由B区(南航代理航班)登机。
国际登机区
国际航班全部由东一指廊登机。