民航发展基金的出台，还重新唤起了人们对机场建设费的关注和争论。
众所周知，国内最早开征机场建设费的是温州的永强机场。20世纪80年代后期，温州人在“不要不等不靠”的“三不”精神指引下，自己投资1.325亿元建设了永强机场，并于1992年开始征收“机场建设费”。
同年3月，当时的民航总局、财政部、国家物价局联合下发《关于听取民航考察团出国考察情况及对民航和机场管理体制深化改革若干意见汇报的会议纪要》的精神，从而正式在全国范围内统一收取机场建设费。
1995年10月，统一收费标准，国内航班每人次50元；国际航班每人次90元；10年后，到2005年12月31日，机场建设费到期，随后2006年国务院进一步发文规定机场建设费征收期限延长至2010年12月31日。后再一次延长至2015年12月31日。
“追溯机场建设费这20年，其收费期限已经延长了数次，而且一到收费截止日期，中央有关部门就给出一纸文件，几句话就将期限延长5年、10年。”董正伟告诉时代周报记者。
对此，一位航空业人士向记者解释了机场建设费存在的两大理由：一是因为国内民航业发展超出预期的速度，即使此前二十年一直在征收机场建设费以及民航基础设施建设基金，这部分资金也确实投入到了民航基础设施建设中去了，但对投入的需求仍然是大量存在的。
“二是因为国内经济发展水平不均衡，民航业发展也存在极大的不平衡现象。机场建设分布不均，主要城市机场以及主要航线收入占的比重过大，因此适度的补贴有助于培育市场长期稳定地发展。”上述人士指出。
这位知情人士还援引了财政部《2012年中央政府性基金支出预算表》相关数据加以说明：“去年全年民航机场管理建设费安排的支出总额为149.02亿元，其中中央本级支出为54.36亿元，对地方转移支付则为94.66亿元。支付给地方的比例超过了60%。”
然而，在全国人大代表、湖北省统计局副局长叶青看来，这一观点并不成立。在今年全国“两会”上，叶青提出议案就指出，改革开放初期，国家财力薄弱，为了获取基础建设投资，依靠民众的财力来支持国家的发展尚可理解。但现在财政收入连年高增长，仍然征收机场建设费似乎就没有道理了。
“退一步说，按照每个机场投资30亿元计算，已经收取的机场建设费可以建100个以上机场，基本上现在全国的机场都是民众集资修建的，那么今后也没有必要存在了。”董正伟律师也补充道。
数据显示，去年我国运输机场完成旅客运送量为62053.7万人次。按照国内每人每次收取50元机场建设费、国际70元计算，国内机场建设费285亿余元，国际机场建设费34亿余元，合计约320亿元。据此，董正伟和陈东认为“机场建设费征收了20年，粗略计算机场建设费共收取3000亿元以上”。
对于这笔数字巨大的“收益”，国家一直坚持两个50%的原则—50%上缴国库后划给民航总局提留，50%由民航总局划给当地机场。虽然财政部每年都会公开部分收入及支出数据，但令人感到遗憾的是，其具体支出去向却从未公开。
不过，有一点可以肯定，即相当一部分机场建设费变成了机场企业的利润，甚至是机场上市公司的分红。譬如，有资料就表明2011年白云机场建设费返还收入为5.84亿元，占营业总收入42.39亿元的13.79%；首都机场机场建设费返还收入为10.01亿元，占营业总收入65亿元的15.41%。
“民航不是事业单位，机场和民航企业均是股份制上市公司或公司法人，没有理由通过征收机场建设费强制为其经营风险埋单。”在给全国人大的建议书上董正伟写道。
无独有偶，在今年的全国“两会”上，全国人大代表、广东省茂名市工商联主席陈华伟写了一份3000多字的建议《关于在全国范围内彻底取消“机场建设费”收费项目的建议》，提交给了第十一届全国人代会第五次会议。
“这么多年来，机场建设费累计收了逾千亿元，但从来没有公开过具体数据。这是一项收费时间最长、收费范围最广、最没有法律依据、最不公开透明、引起最多反对声音的不合理收费，与广大人民群众的利益相悖。”陈华伟表示。